上海市的公司如果想要办理医疗器械备案，需要准备一定的材料。

所需材料有：
1、公司的营业执照复印件及公章

2、公司经营场地的房产证复印件、租赁协议及房产信息单（需要经营场地面积大于50个平方）

3、一名医疗专业大专学历以上的人员

4、公司产品注册证

5、以及各类申请医疗器械备案所需要用到的申请材料

在办理过程中，公司需要先到上海市食品药品监督管理局办理备案申请，并缴纳相应的备案费用。之后，监督管理局会对材料进行审核，并进行现场检查。

如果审核通过并符合要求，监督管理局会颁发备案证书。整个办理过程需要耗费一定的时间和精力，公司需要提前做好准备工作，以确保办理顺利。